Unos estudiantes de bachillerato se encuentran inmersos en una siniestra competición llamada precisamente Battle Royale. Las reglas indican que sólo una persona de la clase elegida para participar puede sobrevivir después de tres días en una isla repleta de peligros. Si hay más de uno vivo al cumplirse el plazo, mueren todos, así que la única forma de salvarse es asesinar a todos sus compañero/as.
El horror, la locura y la traición se vuelven moneda corriente, mientras la lenta cuenta atrás va llegando a su fin. Pero a pesar de todo esto, dos compañeros, Shuuya y Noriko, se confiesan su amor y se prometen sobrevivir a este calvario juntos.
Hitorijime My Hero está protagonizado por Masahiro, un delincuente con una dura vida que está metido en problemas de bandas. Nadie lo ayuda ni protege y no cree en los héroes hasta que aparece Kosuke, un profesor con muy mala leche que se ventila a todos los que le hacen la vida imposible.
Después de eso, Masahiro se convierte en su protegido y de paso conoce a su hermano, que no es otro que Kensuke, protagonista de Hitorijime Boyfriend, y se convierte en su mejor amigo.
Un año más tarde, Kosuke es su nuevo profesor de mates, aunque su relación no ha variado demasiado desde que se conocieron. Pero la llegada de Hasekura y su acercamiento a Kensuke hará que se replantee lo que siente por su mentor…